До розграбування хрестоносцями Константинополя 1204 року, в соборі зберігалася Туринська плащаниця — полотно, в яке загорнули та в якому поховали Ісуса Христа
Одне з див собору — «плачлива колона», мармурова колона чотирикутної форми. Існує повір’я, що «плачлива колона» має чудодійний отвір, в якому завжди волого. В нього потрібно вставити палець та, накресливши коло, загадати бажання, яке обов’язково збудеться.
Музей
1935 року засновник сучасної Турецької держави Мустафа Кемаль Ататюрк розпорядився про перетворення Святої Софії на музей. 2010 року представники міжнародного фонду «Зібрання Ая-Софія» навіть планували проведення літургії в храмі, але не отримали дозволу від турецької влади. Так чи інакше, Собор Святої Софії залишався неповторною та унікальною історичною пам’яткою світового значення.
Перетворення на мечеть
2020 року президент Туреччини Реджеп Тайїп Ердоган заявив, що наказ Мустафи Кемаля Ататюрка є недійсним. Також він вирішив змінити статус собору, перетворивши його на мечеть, проти чого виступив Вселенський Патріарх Варфоломій І. Муфтій міста Комотіні заявив, що Свята Софія — християнська церква.
Проти перетворення Святої Софії на мечеть виступила ЮНЕСКО. Держдепартамент США назвав собор Святої Софії у Стамбулі рідкісним місцем, потрібним всьому людству. Ердоган назвав такі заяви «нападом на суверенітет Туреччини».
Попри протести, 10 липня Державна рада Туреччини (колишній Вищий адміністративний суд країни) ухвалила рішення, що указ Мустафи Кемаля Ататюрка від 1934 року (щодо перетворення мечеті на музей) є незаконним, і що собор може бути перетворений на мечеть.
Того ж дня Ердоган передав Ая-Софію у власність Управління релігійних справ Туреччини.
Влада Кіпру, Греції та Австрії засудили рішення перетворити собор на мечеть.
12 липня Папа Римський Франциск заявив, що ситуація із собором Святої Софії в Туреччині «завдає великої скорботи». Вселенський патріарх Варфоломій, також виступив проти такого рішення, заявивши, що «перетворення Святої Софії на мечеть розчарує мільйони християн у всьому світі» і що Ая-Софія є «життєво важливим центром, де Схід приймає Захід», і зміна статусу на мечеть «розірве ці два світи». Позицію Варфоломія підтримав Предстоятель Православної Церкви України Епіфаній. У відповідь на критику, Ердоган заявив, що не змінюватиме свого рішення, назвавши його таким, що «ґрунтується на волі народу».
24 липня, вперше за 86 років здійснено перший намаз після зміни статусу собору з музею на мечеть. У намазі взяв участь президент Туреччини Реджеп Таїп Ердоган.
